Organisme dikelompokkan berdasarkan jauh dekatnya kekerabatan. Kelompok organisme yang berkerabat dekat memiliki lebih banyak persamaan ciri daripada organisme yang berkerabat jauh. Berikut ini adalah beberapa sistem klasifikasi yang diperkenalkan oleh para ahli :
Tabel. Klasifikasi organisme
| 2 kingdom | 3 kingdom | 2 grup | 4 kingdom | 5 kingdom | 6 kingdom | 3 domain |
| Aristoteles | E. Haeckel | E. Chatton | H. Copeland | R.Whittaker | C. Woese et all | C. Woese et all |
| 350 SM | 1866 | 1937 | 1938 | 1959 | 1977 | 1990 |
| Animalia | Animalia | Eukaryote | Animalia | Animalia | Animalia | Eukarya |
| Plantae | Plantae | Plantae | Plantae | Plantae | ||
| Protista | Fungi | Fungi | ||||
| | Protista | Protista | Protista | |||
| Prokaryote | Monera | Monera | Arkhaea | Arkhaea | ||
| Eubacteria | Eubacteria |
1. Sistem dua kingdom
Aristoteles (filsuf Yunani, tahun 350 SM) membagi organisme menjadi 2 kingdom yaitu kingdom Plantae (tumbuhan) dan kingdom Animalia (hewan). mengelompokkan makhluk hidup menjadi dua kelompok, yaitu tumbuhan dan hewan. Tumbuhan dikelompokkan menjadi herba, semak dan pohon. Sedangkan hewan digolongkan menjadi vertebrata dan avertebrata.
2. John Ray (1627 – 1708), merintis pengelompokkan makhluk hidup kearah grup-grup kecil. Ia telah melahirkan konsep tentang jenis dan spesies.
3. Carolus Linnaeus (1707 – 1778), mengelompokkan makhluk hidup berdasarkan pada kesamaan struktur. Ia juga mengenalkan pada system tata nama makhluk hidup yang dikenal dengan binomial nomenklatur.
4. Sistem tiga kingdom
Setelah ditemukannya mikroskop, Ernst H. Haeckel (Jerman, 1866) mengemukakan kingdom ketiga yaitu Protista
5. Sistem dua grup
Edouard Chatton (biologiwan laut Prancis, 1937) mengusulkan Prokariot dan Eukariot
6. Sistem empat kingdom
Herbert Copeland (biologiwan Amerika, 1938) mengusulkan kingdom Monera bagi organisme yang tidak memiliki membran inti sel
7. Sistem lima kingdom
Robert H. Whittaker (biologiwan Amerika, 1969) menyusun klasifikasi berdasarkan pada tiga kriteria utama yaitu tipe sel, tingkatan organisme, dan tipe nutrisi. Sistem klasifikasi lima kingdom terdiri dari :
a. Monera (bakteri dan ganggang biru)
Makhluk hidup yang dimasukkan dalam kerajaan Monera memiliki sel prokariotik.
Kelompok ini terdiri dari bakteri dan ganggang hijau biru (Cyanobacteria)
b. Protista (ganggang dan protozoa)
Makhluk hidup yang dimasukkan dalam kerajaan Protista rnemiliki sel eukariotik. Protista memiliki tubuh yang tersusun atas satu sel atau banyak sel tetapi tidak berdiferensiasi. Protista umumnya memiliki sifat antara hewan dan tumbuhan. Kelompok ini terdiri dari Protista menyerupai hewan (Protozoa) dan Protista menyerupai tumbuhan (ganggang), dan Protista menyerupai jamur.
c. Fungi (jamur)
Fungi memiliki sel eukariotik. Fungi tak dapat membuat makanannya sendiri. Cara makannya bersifat heterotrof, yaitu menyerap zat organik dari lingkungannya sehingga hidupnya bersifat parasit dan saprofit. Kelompok ini terdiri dari semua jamur, kecuali jamur lendir (Myxomycota) dan jamur air (Oomycpta).
d. Plantae (tumbuhan)
Tumbuhan memiliki sel eukariotik. Tubuhnya terdiri dari banyak sel yang telah berdiferensiasi membentuk jaringan. Tumbuhan memiliki kloroplas sehingga dapat membuat makanannya sendiri (bersifat autotrof). Kelompok ini terdiri dari tumbuhan lumut, tumbuhan paku, tumbuhan berbiji terbuka, dan tumbuhan berbiji tertutup
e. Animalia (hewan).
Hewan memiliki sel eukariotik. Tubuhnya tersusun atas banyak sel .yang telah berdiferensiasi membentuk jaringan. Hewan tidak dapat membuat makanannya sendiri sehingga bersifat heterotrof. Kelompok ini terdiri dari semua hewan, yaitu hewan tidak bertulang belakang (invertebrata) dan hewan bertulang belakang (vertebrata).
Makhluk hidup yang dimasukkan dalam kerajaan Monera memiliki sel prokariotik.
Kelompok ini terdiri dari bakteri dan ganggang hijau biru (Cyanobacteria)
b. Protista (ganggang dan protozoa)
Makhluk hidup yang dimasukkan dalam kerajaan Protista rnemiliki sel eukariotik. Protista memiliki tubuh yang tersusun atas satu sel atau banyak sel tetapi tidak berdiferensiasi. Protista umumnya memiliki sifat antara hewan dan tumbuhan. Kelompok ini terdiri dari Protista menyerupai hewan (Protozoa) dan Protista menyerupai tumbuhan (ganggang), dan Protista menyerupai jamur.
c. Fungi (jamur)
Fungi memiliki sel eukariotik. Fungi tak dapat membuat makanannya sendiri. Cara makannya bersifat heterotrof, yaitu menyerap zat organik dari lingkungannya sehingga hidupnya bersifat parasit dan saprofit. Kelompok ini terdiri dari semua jamur, kecuali jamur lendir (Myxomycota) dan jamur air (Oomycpta).
d. Plantae (tumbuhan)
Tumbuhan memiliki sel eukariotik. Tubuhnya terdiri dari banyak sel yang telah berdiferensiasi membentuk jaringan. Tumbuhan memiliki kloroplas sehingga dapat membuat makanannya sendiri (bersifat autotrof). Kelompok ini terdiri dari tumbuhan lumut, tumbuhan paku, tumbuhan berbiji terbuka, dan tumbuhan berbiji tertutup
e. Animalia (hewan).
Hewan memiliki sel eukariotik. Tubuhnya tersusun atas banyak sel .yang telah berdiferensiasi membentuk jaringan. Hewan tidak dapat membuat makanannya sendiri sehingga bersifat heterotrof. Kelompok ini terdiri dari semua hewan, yaitu hewan tidak bertulang belakang (invertebrata) dan hewan bertulang belakang (vertebrata).
6. Sistem enam kingdom
Carl Woese (ahli biologi molekuler Amerika, 1977) memecah kingdom monera menjadi 2 kingdom yaitu kingdom Eubakteria dan Arkhaebacteria
7. Sistem tiga domain
Carl Woese, O. Kandler, dan M. L. Wheelis (1990) membagi makhluk hidup menjadi 3 domain yang merupakan tingkatan klasifikasi di atas kingdom. Ketiga domain tersebut adalah : Arkhaebakteria, Eubakteria dan Eukarya.